Stalin đã củng cố quyền lực của mình trên toàn quốc, đã chấp thuận sự ủng hộ của Yakir năm 1925. Tuy nhiên, Stalin không tin tưởng Yakir một cách đầy đủ và chỉ thị đồng minh chính trị Lazar Kaganovich báo cáo về các hoạt động của Yakir. Yakir đã tích cực tham gia vào chính trị nội bộ. Ông là thành viên của Ủy ban Trung ương Đảng tại Matxcơva và là thành viên của Bộ Chính trị của Đảng Cộng sản Ukraine. Trong khi khéo léo và độc lập tư duy của mình với tư cách là một chỉ huy quân sự, trong chính trị, ông là một đảng viên trung thành và ủng hộ Stalin. Là một đảng viên, anh ta thiếu sức mạnh và tư duy độc lập để thách thức Stalin.

Sự phục tùng mù quáng của Yakir với Stalin cũng không tránh khỏi sụ nghi kị của Stalin. Stalin sẽ không cho phép các chỉ huy quân sự của mình có bất kỳ suy nghĩ độc lập nào - Stalin nhận thức được nguy cơ của một cuộc đảo chính. Bắt đầu với Đại thanh trừng năm 1936, Bộ Dân ủy Nội vụ đã bắt giữ nhiều cộng sự và cấp dưới của Yakir. Yakir là một trong số ít các chỉ huy hàng đầu của Liên Xô, đã kháng cáo với Stalin, thậm chí đã tới Matxcơva và cố gắng thuyết phục Voroshilov đích thân tuyên bố sự vô tội của những sĩ quan này. Tuy nhiên, kháng cáo của Yakir (và các phản ứng khác của ông) là một dấu hiệu rõ ràng về sự không đồng thuận của ông với các cuộc thanh trừng đang diễn ra khiến Stalin ngày càng xa lánh Yakir hơn nữa.